A Secretaria Municipal de Saúde é responsável pela atenção à saúde pública e básica em São Marcos; bem como pelo atendimento ou encaminhamento nas mais diversas especialidades clínicas em ambulatórios e serviços especializados; convênios com instituições de saúde para atendimento das especialidades não contempladas pelo município; além de transporte médico e hospitalar, fornecimento de medicação básica, formação e incentivo aos grupos de apoio. Também, é responsável pelos Postos de Saúde, os PSFs (Programas de Saúde da Família) e o Centro Ocupacional Sol Nascente.
A Secretaria Municipal de Saúde tem, ainda, por responsabilidade a gestão plena do Sistema Único de Saúde (SUS), tal como formulação e implantação de políticas, programas e projetos que visem a promoção de uma saúde de qualidade à população são-marquense. Esta também assume o serviço de assistência social no município, ou seja, o cadastramento e auxílio às famílias de baixa renda e o cadastramento e auxílio na melhoria das condições de habitabilidade aos moradores carentes do município. Por isso, formula programas para a construção ou recuperação de habitações populares.