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A Secretaria Municipal de Educação é responsável pela política educacional do município, pela administração das Escolas Municipais de ensino infantil (Creches) e fundamental (1º a 8º ano); pelo controle e aplicação dos recursos federais e estaduais repassados à área educacional; assim como pela distribuição da merenda e do material escolar e pelo controle e bom funcionamento do transporte escolar. Tem focado seu trabalho no sentido de fortalecer ações que consolidem a educação inclusiva, garantindo os direitos das crianças e dos jovens à aprendizagem na escola. Hoje, São Marcos tem cinco escolas de educação fundamental e duas de educação infantil, atendendo em média 2 mil alunos.